От частного к общему

Это открывает двери для новых подходов к изучению клеточного состава органов, тканей и этапов развития, а также для понимания молекулярных механизмов регенерации. Профессор Берлинского института биомедицинских систем (BIMSB) Николаус Раевский. MDC и старший автор исследования. Планарии, такие как Schmidtea mediterranea, являются популярными предметами исследования, потому что они бессмертны и могут полностью восстанавливаться, даже если их разрезать на кусочки. Они обладают большим количеством взрослых плюрипотентных стволовых клеток, которые постоянно обновляют все ткани и типы клеток. Чтобы понять, как дифференцируются клетки, нам нужно сравнить профили экспрессии генов от клеток на разных стадиях дифференциации. Мы обследовали организмы и описали тысячи отдельных клеток, упорядочивая их проявление и генетическую структуру с транскриптами в РНК. Доктор Мирейа Пласс из MDC. Ученые определили 37 различных типов клеток, 23 из которых были окончательно дифференцированы, а также многочисленные стволовые клетки и так называемые клетки-предшественники на нескольких уровнях дифференциации. Затем мы применили новый вычислительный алгоритм PAGA, разработанный доктором Александром Вольфом и профессором Фабианом Тейсом в Мюнхене, чтобы предсказать дерево линий, которое включает все идентифицированные типы клеток, внедренные в единую группу стволовых клеток. Доктор Кристин Кокс из MDC. Затем это предсказание было объединено с дополнительными вычислительными и экспериментальными методами для построения надежного дерева, поддерживаемого несколькими независимыми линиями доказательств. Формированию доказательной базы способствовали: секвенирование очищенных стволовых клеток и клеток что развились из данных стволовых клеток; изменения экспрессии генов; неконтролируемое предсказание дерева линий из PAGA; и результаты недавно опубликованного метода, velocityyto, который предсказывает будущие состояния клеток из метаболизма мРНК. Кроме того, исследователи смогли идентифицировать программы генов, вовлеченные в процессы дифференцировки клеток вдоль этого дерева. Ученые также обнаружили несколько новых типов клеток, расположенных в паренхиме животных, которые ранее были замечены в молекулярных исследованиях и которые играют важную роль в регенерации плоских червей. Доля этих клеток значительно уменьшается у регенерирующих животных, что говорит о том, что эти клетки «подпитывают» процесс ремоделирования тела у планариев. Теперь ученые во всем мире имеют непосредственный доступ к новым данным по биологии плоских червей, а также к методам, используемым командой исследователей. Наша работа позволяет изучать клетки и их линии у нескольких видов животных. Это не только важный ресурс для планарного сообщества, но и предоставляет «кулинарную книгу» для других ученых, которые хотят проводить подобные исследования в других организмах. Доктор Хорди Солана, ранее работавший в MDC, а теперь в Оксфордском университете Брукса. Через интерактивное приложение ученые могут ввести данные и посмотреть на изменения в экспрессии определенных генов во время дифференциации и регенерации клеток. Подробный онлайн-учебник по реконструкции генетической линии с использованием PAGA и velocyto станет руководством для будущих исследований. Одноэлементные подходы станут незаменимым методом изучения биологии развития и регенерации. Николаус Раевский. Филипп Дончев

• 19:29 Dogecoin обгоняет рыночную капитализацию Porsche
• 14:33 Тестировщики слили в сеть Sora от OpenAI
• 14:28 Эксперты подсчитали долю публичных компаний с биткоин-стратегией
• 14:00 Мы можем масштабировать. Как финансовые пирамиды стали «крипто»
• 13:35 Полковника СБУ посадили на 10 лет за вымогательство у майнеров-нелегалов
• 13:13 В Trezor сообщили о 600% скачке спроса на аппаратные кошельки
• 13:08 Капитализация компании MicroStrategy рухнула на $30 млрд за четыре дня
• 12:46 «Чилловый парень» $CHILLGUY помог трейдеру стать миллионером за 12 дней